출산휴가 대위신청 시 지원금 비과세 소득 처리 관련

출산전후휴가, 배우자출산휴가 등 출산휴가급여지원 관련하여

회사에서 먼저 통상임금 100%를 지급하고 그 이후 대위 신청을 진행하고자 합니다.

대위신청금이 확정되어 회사로 지급되면 해당금액 만큼은 근로자에게 비과세소득으로 처리해야 한다고 하는데

이미 선지급시 과세로 처리후 이행사항신고서 제출 및 원천세 까지 납부가 되었습니다.

(선지급시에는 어느정도 금액이 확정되어 회사로 입금될지는 정확한 확인 불가하여 비과세처리를 못하였습니다.)

이러한 경우 귀속대상의 급여대장을 수정하고 원천세도 수정신고를 해서 진행해야 하는지요?

연말정산에서 조정한다던가 등의 방법은 없나요?

출산전후90일 사용자분이 출산휴가 종료후 바로 육아휴직이어서 난감합니다....

미제출비과세라 연말정산시 소득에서 가감해도 되지 않을까 싶은데 답변구합니다..