중소기업 청년근로자 핵심인력 성과보상기금 수령액 내일채움 기업부담금 급여대장에 반영해야하나요?

중소기업 청년근로자 및 핵심인력 성과보상기금 수령액에 내일채움 대한 소득세 감면신청서에 기업이 부담한 기여금 1천2백만원을 급여대장 과세에 반영해서 직원한테 줘야하나요? 아니면 연말정산에만 반영하면되나요?