가을동화의 결말은 비극적으로 마무리됩니다. 은서(송혜교)는 결국 백혈병으로 사망하며, 준서(송승헌)는 은서를 떠나보낸 후 절망에 빠져 오토바이를 타고 달리다 교통사고를 당합니다. 드라마 마지막 장면에서 은서는 바닷가에서 준서와 함께 있는 꿈을 꾸며 조용히 눈을 감고, 준서는 사고 후 쓰러진 채 눈을 감으며 은서를 따라가듯이 연출됩니다. 명확하게 죽음을 확정하는 장면은 나오지 않지만, 둘 다 이별과 함께 생을 마감하는 암시로 끝납니다. 드라마 전반적으로 운명적인 사랑과 엇갈린 인연을 강조했으며, 결말 역시 슬프지만 여운이 남는 방식으로 그려졌습니다.