숏커버링의 원리를 알려주세요!

공매도에서 숏커버링이 무엇인지 자세하게 알려주세요.

1만원짜리 주식을 빌려서 1만원에서 팔아서 주가 하락 후 5천원에 매입을 했으면 차익실현 5천원이 발생
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숏커버링 후 매수한 주식의 가격은 5천원
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연기금이나 기관에 주식 가격 5천원으로 상환
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그럼 연기금에선 5천만큼 손해 아닌가요?

뭔가 숏커버링에 대한 개념이 잘 안잡히네요..