지하수의 수질은 여러 가지 자연적 및 인위적 요인에 의해 결정됩니다.
자연적 요인으로는 지질 및 토양 특성, 기후 및 강수량, 지하수 체류 시간, 지형 및 유동 특성 등에 의하고,
인위적 요인으로는 주변 농업 활동, 산업 및 공장 배출, 생활하수 및 폐기물 처리 등에 따라 달라집니다.
우리나라의 지하수 오염 정도는 지역별 차이가 있어 구별이 필요합니다.
특히 특정 오염 우려 지역으로는 산업단지 및 공업지역과 농업지역, 그리고 도심지 및 매립지 주변도 오염이 심하다고 볼 수 있습니다.
주요 오염물질과 영향으로는 질산성 질소(농업 비료, 축산 폐수), 중금속(납, 카드뮴, 크롬 등-산업 폐수 등), 휘발성 유기화합물(벤젠, 톨루엔 등-공장, 주유소, 폐기물 매립), 대장균 및 병원성 미생물(생활하수, 축산폐수), 염분(해수 침투, 제설제 사용), 불소(자연적 존재, 일부 산업 배출) 등이 있습니다.