인간 게놈 프로젝트는 1990년대부터 진행되었으며, 초기에는 유전자 매핑 방법을 사용하여 게놈의 작은 조각들을 연결하는 과정을 거쳤습니다. 이후에는 Sanger sequencing 기술을 이용하여 조각들을 읽어내어 조립하는 방법을 사용했습니다. 이 방법은 일반적으로 500-800 염기쌍씩 읽을 수 있었기 때문에 게놈 전체를 조립하는데 시간과 비용이 많이 소요되었습니다. 이러한 기술적 한계로 인해 인간 게놈 프로젝트는 총 13년이라는 시간과 3억 달러라는 거대한 예산이 필요했습니다.