우선 이순신 장군 시기에 제작된 여러 거북선이 1597년 칠천량 해전에서 일본군에 의해 침몰되었습니다. 당시 원균 장군이 이끄는 조선 수군이 패배하여 약 150척의 전투선이 파괴되고, 4~5척의 거북선도 모두 바다에 가라앉았습니다.
그리고 임진왜란과 일제 강점기를 거치면서 거북선 관련 문서 대부분이 소실되었습니다. 현재 <난중일기>, <임진장초>에 일부 언급만 될 정도입니다. 즉, 당시 기술 기록이나 설계도는 전혀 현존하는 실정입니다.
그리고 목재 부식으로 보존의 한계도 있으며, 전후에는 제작과 유지 비용이 과다하고 왜구 감소로 필요성이 약화되어 유지가 어려웠습니다. 따라서 현대는 복원 모형만 존재합니다.