산정특례자의 연말정산시 세액공제는 어떤식으로 이뤄지나요

희귀병 관련으로 산정특례를 올 8월에 대학병원에서 받았습니다.
건강보험이 산정특례자들은 연말정산시 세액 공제를 받는다는데 이건 건강보험이 저렴해지는게 아니라 연말정산시에만 적용되는 것이지요.. ?
잘 모르는 부분이라 설명도 해주시면 감사하겠습니다!!