소수서원은 풍기군수 주세붕(1495~1554)이 1542년 8월에 이곳 출신인 안향(1243~1306)을 배향하는 사당을 설립하기 위해 개토(開土)를 하고, 이듬해 1543년 8월 11일에 완공하여 안향의 영정(影幀)을 봉안하고, 백운동서원(白雲洞書院)을 사당 동쪽에 설립하여 사와 원[祠院]을 완성한 데에서 비롯합니다.
주세붕은 이외에도 장서각(藏書閣)과 경렴정(景濂亭)을 건립했습니다. 1392년 조선이 건국되고 약 150년이 지난 시기입니다. 서원 이름 ‘백운동’은 중국의 주희(朱熹)가 강학하기 위해 부흥한 백록동서원(白鹿洞書院)을 본으로 삼은 것입니다.