연말정산 총급여 및 전통시장 초과사용분

안녕하세요.

연말정산으로 바쁘실 세무사님들, 고생하십니다..혼자 파고들다가 헷갈려서.. 연말정산 관련 질의사항 남깁니다.
1. 제가 실제 받은 급여 대비해서 총급여를 계산하려고 하는데,회사에서 주는 식대, 운전보조금,상여금 등을 제외하고는 비과세소득으로 들어가는 항목이 없는데, 제가 실제로 받은 총 연봉에서 비과세소득을 빼면 남은 금액이 총급여와 차이가 나는 이유가 무엇일까요? (숙직비, 여비, 교육 및 휴직수당, 실업급여, 비과세학자금, 연구활동비, 근로장학금, 국외근로소득, 이주수당) 등 이외의 비과세소득은 제 연봉에 포함된 이력이 없습니다.
2.총급여가 1억 급여라 가정하면, 신용카드+현금영수증+직불카드를 총급여의 25% 소비한 금액에 대해 공제로 아는데,이 중에서 기본공제는 7천 초과면 250만원 공제(7천초과)전통시장+대중교통+도서공연(7천미만만 가능) : 200만원 공제(7천초과) 소비증가분 : 100만원 공제(7천초과)로 알고있습니다.제가 전통시장+대중교통에서 500만원을 신용+체크로 사용해서 총 40%인 200만원을 공제받고, 만약에 전통 및 대중교통에서 500만원 초과로 사용한 금액(예로 들면 550사용 시 남은 50만원)에 대해선 전통 공제한도가 200만원 공제한도니 다 사라지는 것인지, 아니면 신용+현금+직불로 기본공제(250만원)에 들어갈 수 있는지 궁금합니다.
미리 감사합니다...