정여립은 낙향한 뒤 전라도에서 진안 주도에서 서실을 짓고 신분과 지여긍ㄹ 넘여 사람들을 규합하여 대동계을 조직했습니다. 매달 활쏘기 모임을 열고 무술과 강론을 병행하여며 세력을 확장했습니다. 이후 대동계는 황해도 등지로 퍼졌습니다.
이에 589년 황해도 관찰사 한준 등이 정여립이 역모를 꾀한다고 고변하면서 기축옥사가 일어났습니다. 정여립은 체포 과정에서 자결했고, 서인의 정철이 옥사를 주관하며 정여립과 단순히 친분이 있었다는 이유만으로 동인 인사들을 대거 처형·유배시켰습니다. 그 결과 동인 정권이 무너지고 서인이 정권을 잡았습니다.
다만 학계에서는 정여립의 역모 계획 자체가 있었는지, 서인이 사건을 얼마나 확대했는지, 선조가 동인을 견제하려 확대를 묵인했는지에 대해 의견이 갈립니다.