저도 예전에 딱 이 증상을 겪어봤는데요, 화면 한가운데 회색 네모에 최소화라는 글자만 덩그러니 남아 있는 거면 창 오른쪽 위 버튼에 마우스를 올렸을 때 뜨는 그 설명 풍선이 프로그램이 비정상적으로 꺼지면서 혼자 남아버린 경우가 대부분입니다.
먼저 이게 진짜 떠 있는 창인지 아니면 화면이 다시 그려지지 않아 남은 자국인지부터 구분해 보세요. 다른 창을 그 위로 끌어다 덮었다가 다시 치웠을 때 그대로 있으면 실제로 떠 있는 창이고, 덮은 뒤에 사라지면 그냥 화면 갱신 문제입니다.
재부팅 없이 제일 먼저 해볼 건 윈도우키와 컨트롤, 시프트, B를 한꺼번에 누르는 겁니다. 그래픽 드라이버만 다시 시작하는 단축키라 화면이 잠깐 깜빡하고 삐 소리가 한 번 나는데, 열어둔 프로그램이나 작업 중인 문서는 그대로 살아 있습니다. 저는 이 방법으로 대부분 정리가 됐어요.
그래도 남아 있으면 컨트롤 시프트 ESC로 작업 관리자를 열고 프로세스 탭에서 Windows 탐색기를 찾아 다시 시작을 눌러보세요. 작업 표시줄이 잠깐 사라졌다 돌아오면서 바탕화면 위에 얹혀 있던 것들이 같이 정리되는 경우가 많습니다.
이래도 그대로면 그 글자를 만들어 낸 프로그램이 아직 백그라운드에 살아 있는 겁니다. 오전에 쓰다가 껐던 프로그램이나 작업 표시줄 오른쪽 트레이에 숨어 있는 유틸리티를 하나씩 종료해 보시면 같이 사라집니다. 재부팅이 어려우실 때 위 순서대로 하나씩 해보시면 좋을 것 같아요.