중도퇴직자 원천세 환급에 대해서 궁금한 점 있어서 여쭤봐요

중도퇴사자(25.5.31에 퇴사) 하고 6월귀속 원천세부턴 급여 등 아예 들어가지 않았습니다. 중도퇴사도 작성x 제가 알아보니까 수정신고를 해야되던데 과장님께 물어보니 저흰 작성한게 없어서 수정할게 없다네요. 그리고 수정으로 하면 가산세를 물어야 한다고 그 방법 외에 다른 방법으로 환급받는 방법을 찾아보라 하셨어요. 과장님도 이런 경우가 아주 오래전이라 기억이 가물하다하면서요. 준비해여할 자료도 많다던데 어떤 방법이 있나요? 알려주세요ㅜㅜ