전회사에서 근로소득 신고를 잘못하여 종합소득세를 내게 되었는데, 어떻게 해야하나요?

안녕하세요.
저는 2024년 1월 5일 A회사에서 퇴사 후 2024년 1월 13일 B회사로 이직하였습니다.

그런데, A 회사에서 1월 월급 517,473원에서 첨부 건강보험, 고용보험료를 정산 후 지급한다는 명분으로 급여를 지급하지 않았습니다. 또한, 상여금 3,123,247원에서 추가 정산금 및 세액을 공제하고 지급하겠다 하여 2,904,546원만 지급받았습니다.

그런데, 이번 종합소득세 신고 때 확인해보니, 소득신고를 1,517,473원으로 하였으며, 지급명세서 확인 결과 어떠한 세액도 납부되지 않은 것으로 확인되어 금번 5월 종합소득세 64만원 가량을 추가로 납부하라는 고지를 받은 상태입니다.

질문

1) 보험료 등 정산명목을 A사에 재확인 해보아야하나, 소득세 납부없이 국민연금 및 건보료 등으로만 저렇게 공제할 수 있는가요? 어떤 부분이 잘못된 건지 확인하려면 어떤 자료를 요청해야하는지요?

(어떻게 5일치 월급 51만원 가량에서 건강보험료 및 고용보험료만 40만원을 넘게 떼갈 수 있는지요? 당시 연봉은 3850만원에 불가했습니다)

2) 원천징수영수증을에 국민연금보험료 144,360원, 건강보험료 494,310원, 고용보험 123,310원 납부로 되어 있습니다. 소득세 납부내역은 확인되지 않구요. 보험료 납부 항목이 확인된다 하여도 소득세 납부 내역이 없으니 금번 종합소득세는 무조건 고지받은 금액으로만 지급해야하는지요?

(수정신고를 하고 싶어도 24년은 선택을 할 수 없게 되어 있습니다.)

3) A사에서 애초에 급여 신고부터 잘못했는데,(100만원 추가신고) 해당 부분에 대해서는 회사에 별도 이의제기하는 것 외에, 행정청이나 당 세무서에 신고할 방안이 없는지요?

감사합니다.