이행강제금 계고 후 납부 완료

안녕하세요? 행정청으로부터 이행강제금 납부 명령을 받고 부작위 상태로 있다가 2차 계고 후에 납부를 한 경우 이행강제금은 한번만 내는건가요 아니면 두번 내야하는 것인가요? 궁금합니다. 감사합니다.