보조개는 얼굴 근육과 피부 조직의 구조적 차이로 인해 생깁니다. 주로 "대관근"이라 불리는 얼굴 근육의 변형 때문에 나타나는데, 이 근육이 짧거나 특정 부위에 결합 조직이 얽혀 있어 웃거나 표정을 지을 때 피부가 움푹 들어가 보조개가 생깁니다. 보조개가 있는 사람은 이러한 근육 결합이 선천적으로 형성되어 있어, 표정 변화에 따라 특정 부위가 쉽게 들어가는 특징을 보입니다. 보조개는 유전적 요인이 강해 가족 내에서도 비슷한 형태로 나타날 가능성이 큽니다.