공익법인과의 거래에서 부가세 환수요청을 받은 경우

안녕하세요 소규모 영리법인입니다.

7,8년 간 모 대기업 공익재단법인과 거래를 해오고 있습니다.

매년 계약서를 체결하고 사업비 전체를 세금계산서를 발행하여 사업비를 받아 운용해오고 있지요.

(매출계산서를 발행하므로 공급가액과 부가세가 구분되게 됩니다)

그런데, 올해는 작년 사업정산을 하면서, 사업비에 대한 부가세 환수를 요청하셨습니다.

요지는, 사업비로 지출한 모든 각각의 영수증들을 공급가액과 부가세액으로 나누어 정리하여 제출하고, 지출액 중 부가세에 해당하는 금액들을 합산한 금액과

매출계산서 상의 부가세 금액을 비교하여 차액을 환수한다는 것입니다.

(차액은 어마하게 나올 겁니다.지출 세목 중 인건비가 상당비율이고, 우체국 도서 등 부가세가 없는 물품도 많으니까요)

세법상 이것이 맞는지 제 수준의 지식으로는 이해가 가지 않아

세무사, 회계사 전문가 분들께 여쭙고 싶습니다.

이 같은 요청을 이메일로 받았고, 현재 간단히 문구로 이의 의견을 이메일로 제출할 수 있는 기간인데

세무사님께 필요하다면 비용을 지불할 의사도 있으니 의견문구 작성 도움도 요청하고 싶습니다.

(법적근거나 유사 사례 등을 댈 수 있다면 더 좋을 것 같구요)

(저희 기존 세무대행사에서는 바쁜 시기라며 알아서 하라고 하셔서;;;)

국고보조금 지원사업인 경우, 애초에 부가세를 제외하고 사업비를 받는 형태이고 세금계산서를 발행하여 사업비를 입금받는 것이 아니라 부가세를 별도로 치는 것이 맞지만,

매출세금계산서 발행 형태로 사업비를 지급받는 일반거래 형태인데,

이것이 올바른 회계 처리인 건지 이해가 가지 않습니다.