임진왜란 당시 거북선의 활약은 해전 승리에 크게 기여했습니다. 하지만 거북선은 돌격선으로 설계된 특수 군선으로 조선의 주력 함선은 판옥선이었습니다. 판옥선은 넓은 갑판에서 많은 병력이 승선하여 전투를 할 수 있지만 거북선은 공간이 비좁아 전투 효율은 떨어집니다. 그리고 거북선은 일반 판옥선보다 제작 비용과 시간도 훨씬 많이 드는 고비용 함선이었던 것도 대량 건조의 걸림돌이었을 것입니다.
그리고 임진왜한 이후 일본의 에도 막부 시기에는 평화 시기이며, 쇄국 정책으로 조선에 대한 위협이 감소했습니다. 비록 18세기 숙종 때도 거북선이 다시 건조되어 완전히 사라지지는 않았습니다. 하지만 조선 후기 수군 방어보다는 육군 방어에 집중하여 거북선은 상징적 존재로 남게 되었습니다.