그것이 알고 싶다 프로그램은 주로 두 가지 방식으로 제작됩니다. 첫째, 제작진이 특정 주제를 정하고 그에 대해 심층 취재를 진행하는 방식입니다. 이 경우, 관련 사건이나 이슈를 종합적으로 조사하여 하나의 큰 주제로 다루게 됩니다. 둘째, 개별 피디들이 각자 취재한 사건이나 이슈를 바탕으로 독립적인 방송을 준비하는 경우도 있습니다. 이때는 취재한 내용이 완성되면 그에 맞춰 방송 일정을 조율하여 방영됩니다. 프로그램의 진행 방식은 이 두 가지가 혼합되어 있을 수 있습니다.