12년 전에 누락된 택시의 유가보조금을 다시 정정할 수 있는 방법은 없나요?

간략한 상황 설명은 이렇습니다.

최근 친척 큰 형님이 어느 지부의 LPG충전소의 소장으로 발령받았습니다.

각 지부의 충전소에서는 각각의 사업자 번호가 있었는데,

2025년 1월 1일 0시 이후, 본사의 사업자 번호로 통합되었다고 합니다.

주된 고객 차량은 개인택시와 제휴 회사 택시들입니다.

문제는 그 이전 사업자번호로 진행된 2024년 12월 31일까지 회계 처리를 하는데,

이때 20만원 정도의 결손이 발생했고,

그 원인을 이리저리 찾아봤는데,

제휴 택시 회사 측에서 2013년에 오류가 발생했다고 통보해서 그 원인을 알게 되었습니다.

원인은 택시 회사의 미등록 카드로 몇차례 결제해서, 유가보조금 혜택이 누락되었고,

그게 그 20만원 상당이라고 하더군요.

( 회계 구조를 몰라서 이 부분은 어떻게 설명을 해야 할지 모르겠습니다.)

12년 전에 그 LPG충전소의 총무 혹은 경리가 실수로 그것을 확인 안하고 그냥 넘어간 것이고,

그 제휴회사 측에서는 LPG충전소의 자료만 보고 결제를 해서, 책임이 없다고 주장하고 있는 상황인데,

지금은 그 충전 사업소의 직원들이 모두 바뀌었고,

게다가 유가 보조금에 관한 것은 시효가 있다고 들었는데,

이 상황에서는 그 손실액을 구제할 방법은 없는 것인가요?

국토교통부나 이의신청을 하는 방법밖에는 없나요?