네, "그것도 모르냐"라는 표현은 상대방을 무시하는 어투로 받아들여질 수 있어요. 직장에서도 이런 말이 가장 듣기 싫은 말 1위로 꼽힐 정도로 불쾌감을 주는 표현이거든요.
이건 제 개인적인 생각인데요... 장인어른께서 본인 분야에 대한 전문성을 가지고 계시듯, 사위분도 프로그래밍이라는 전문 분야가 있잖아요. 서로 다른 분야의 전문가로서 존중하면서 대화하시는 게 좋을 것 같아요. "이런 부분은 이렇게 하면 어떨까요?"처럼 제안하는 형식으로 말씀하시면 더 좋은 대화가 될 수 있을 것 같네요.