항문외과는 항문과 관련된 질환을 진료하는 곳입니다. 하지만 항문과 관련된 질환을 치료하는 진료과목은 다양합니다. 대표적으로는 선별적 항문질환 치료를 담당하는 대장항문외과와 항문외과 전반을 전문적으로 다루는 대학병원 내 항문질환센터 등이 있습니다.
따라서, 병원 간판에 항문외과 대신 다른 이름으로 적히는 경우도 있습니다. 예를 들어 대장항문외과의 경우, 대장질환과 함께 항문질환도 진료하기 때문에 대장항문외과라는 이름으로 간판이 적혀있을 수 있습니다. 또는 항문외과와 비슷한 질병을 다루는 진료과목인 대장항문항문과, 항문관련 질환 전반을 다루는 항문항균의학과 등의 이름으로 간판이 적히는 경우도 있습니다.