삼별초는 본래 야별초에서 출발합니다. 야별초는 처음 최우가 도적과 민란을 진압하고 수도의 치안을 지키기 위해 밤에 순찰을 하는 부대였습니다. 이후 몽골 포로로 돌아온 병력이 추가되면서 야별초를 좌,우별초와 신의군의 삼별초로 확대 개편되었습니다. 초기에는 최씨 무신 정권의 사병이자 경찰 업무를 수행했으나 몽골 침입 이후에는 고려의 주요 전투 부대가 된 것입니다.
그리고 개경 환도를 거부하고 대몽 항전을 전개했습니다. 배중손 등은 병력을 이끌고 진도로 이동하여 왕족 승화후 온을 세우고 여몽 연합군이 저항했으며, 이후에도 제주도로 이동하여 항쟁을 이어갔습니다. 이들은 항파두성을 쌓아 새로운 본거지로 삼았습니다. 이후 제주도에서 약 2년 동안 항전을 계속했습니다. 1273년 고려·몽골 연합군 약 1만 명이 160여 척의 배를 타고 제주도를 공격했습니다. 삼별초는 항파두성에서 저항했지만 병력과 장비의 열세를 극복하지 못하고 패배했습니다.
김통정과 일부 지휘관은 한라산으로 달아났고, 70여 명의 잔여 병력도 끝까지 저항하다 전사했습니다. 김통정은 결국 자결했고, 이로써 삼별초의 항쟁은 약 3년 만에 끝났습니다.
삼별초는 최씨 무신 정권의 사병 집단으로 출발했으나 몽골과 강화를 반대하고 독자적인 항전을 벌였습니다.