성종은 세조의 반정으로 성장한 훈구 세력을 견제하기 위해 김종직을 비롯해 사림들을 등용했습니다. 이들은 3사를 중심으로한 언론 기관에서 훈구 세력들의 부패와 비리를 비판하였으며, 훈구와 사림의 갈등이 심화되었습니다. 두 세력의 갈등은 연산군 때 무오사화, 갑자사화로 표면화되었습니다.
무오사화는 김종직의 조의제문을 구실로 사림들이 큰 타격을 받았으며, 폐비 윤씨 문제로 갑자사화가 일어나 피해가 더욱 커졌습니다. 중종 반정 이후 중종은 반정 공신들을 견제하기 위해 조광조 등 사림들을 대거 등용했습니다. 조광조는 소격서 폐지, 현량과 실시, 위훈 삭제 등의 급진적 개혁을 단행했으며, 위기에 몰린 훈구들이 기묘사화를 일으켜 반격하며 사림이 큰 피해를 입었습니다. 그리고 명종 때 을사사화로 또다시 사림들이 피해를 입었습니다.
여러 차례 사화에도 불구하고 사림들은 향약과 서원을 기반으로 선조때는 중앙 정계로 대거 진출하여 결국 실권을 장악했습니다.