부두사용료 계산서 발행시 이중과세?

부두사용료는 세금항목으로 수출자에서 납부할 세금을 선사에서 먼저 납부해주는 것으로 영세율계산서에 포함하여 발행하지 않고 비고에 적는다고 알고 있어요. 만약 영세율계산서에 포함하여 발행하면 이중과세라고요.

근데 이해가 안가는 부분이 어차피 영세율세금계산서는 세액이 없이 발행되는데 어디가 이중과세가 된다는건가요?

혹시 부두사용료만금 매출영세율계산서를 발행한 포워딩사에 법인세 비용처리가 되니까 이중과세가 된다는 말씀이신건가요? 포워딩사에서는 대납을 해준 것 뿐인데 영세율계산서에 세액이 없어서 공급가액에 대한금액은 법인세비용처리를 받으니까 이런 말이 나온건지 궁금합니다.

그리고 매입처인 저희쪽에는 이중과세 혜택을 받는게 없는거죠? 저희한테 불이익은 계산서 불성실가산세만 해당되는건가요?