1687년 1월 8일 그는 자신의 테 데움의 연습을 위해 오케스트라를 지휘하고있었는데 그는 박자를 맞추기 위해 지휘봉으로 바닥을 두드리고있었는데 다음 순간 자신의 발가락을 찧었고 이 사고로 발가락에 생긴 상처는 곪아들어가며 추운 겨울임에도 당시의 위행환경에서 이 상처는 급속히 괴저로 발전되어 썩기 시작했고 그는 결국 악화된 괴저의 합병증으로 동년 3월 22일 사망했습니다.
의사가 괴저가 생긴 발가락에 대한 절단수술을 권고했지만 륄리가 이를 거부했기때문에 사망했습니다.