1996년 미국 FDA를 벤치마킹해서 보건복지부 소속의 식품의약품안전본부(1급 기관)을 발족시켰고,
1998년 조직개편을 통해 보건복지부의 외청으로 식품의약품안전청(차관급 기관)으로 승격됩니다.
2013년 박근혜정부가 출범하면서 4대악 중 불량식품 근절을 목표로 식품의약품안전처(장관급에 준하는 기관)으로 다시 승격합니다. 식약청 시절에는 축산물을 농식품부, 수산물은 해양수산부가 담당하였으나 식약처가 되면서 축산물과 수산물 등 모든 식품의 안전관리가 통합하게 된 점이 특징입니다.