회사에서 일괄적으로 근무 시간을 줄이는게 가능한가요?

회사에서 출퇴근시스템을 전산으로 기록하는데요 출퇴근 카드 태그시간을 출근시간은 8시 45분 이후 퇴근시간은 6시 15분 이전으로 일괄 입력 하고 있습니다. 야근을 하고 따로 카드를 찍어도 수정을 하고 수기로 기록하여 교통비를 지급하는데 이런식으로 운영해도 상관 없는건가요?