네, 구분합니다.
한국에서 공인된 낚시 자격증은 국가공인 민간자격인 "낚시지도사"가 대표적인데, 이 안에서 민물과 바다를 나눠서 응시할 수 있어요. 채비, 어종 특성, 낚시 방법이 워낙 다르기 때문에 시험 내용 자체도 분리되어 있습니다.
다만 "프로"라는 명칭은 자격증보다는 낚시 브랜드나 용품사에서 계약한 프로 앵글러 개념으로 쓰이는 경우도 많아서, 공식 자격증 체계와는 별개로 민물 전문, 바다 전문으로 나뉘어 활동하는 경우가 일반적이에요.
정확한 최신 자격 종목 구분은 한국낚시협회나 국가자격정보 사이트(Q-net)에서 확인하시는 게 가장 정확합니다.