익룡의 멸종 원인은 아직 정확하게 밝혀지지 않았습니다.
하지만, 익룡이 살았던 백악기 말에 일어난 대규모 멸종 사건이 가장 유력한 원인으로 꼽힙니다. 운석 충돌로 인한 기후 변화, 화산 활동 등 극심한 환경 변화가 익룡의 멸종을 가져왔을 것으로 추정되는 것이죠.
또, 먹이의 대량 멸종하면서 먹이 부족에 시달렸을 가능성이 있고, 백악기 후기 환경이 변하며 새들이 빠르게 진화하며 익룡과 비슷한 생태적 지위를 차지하게 되었고 새들은 익룡보다 더욱 효율적인 비행 능력과 다양한 먹이 섭취 능력을 갖추고 있어 익룡과의 경쟁에서 우위를 점했다는 가설도 있습니다.