컴퓨터 자동업데이트 할때 작업중인거는?

컴퓨터 사용중이었는데 자동업데이트 한다고 뜨면 작업중이던거는 종료하고 업데이트 해야 하나요?

아님 그냥 작업중인채로 두어도 되는건가요??