무허가 건물에 대한 양도세 문의

세무소에서 아파트 매매에 대한 1가구 2주택 양도세 안내문 받았고, 아직 고지를 받지 못한 상태입니다.

세금 : 양도세 5,500 / 양도세 미신고 가산세 약2,000 = 7,500만원

어머님 명의로 되어 있는 아파트를 2019년 6월에 지역주택조합에 매매하였고, 양도세 신고를 하지 못해 1년 후 2020년 10월 15일 세무소에서 양도세에 대한 소명 안내문을 받았습니다. 세무소에서는 양도세에 대해 고지 의무가 없다고 합니다.

아버지께서 1974년에 경기도 시청 면단위 소재지에 임야를 취득 하였고, 그 땅에는 1944년부터 지어진 무허가 건물이 있었는데, 1990년대 부동산 전산화에 따라 해당 무허가 건물이 아버님 명의로 등록되어 세금을 내고 있었습니다.

건물 세금이 2천원 아래여서 청구는 되지 않았고, 아버님은 해당 건물 소유자로 등록되어 있는 것을 모르고 있습니다.

시청에는 전산화 작업시 소유자가 명확하지 않아, 어떤 방식으로 저희 아버지가 등록되었는지는 알 수 없다고 하였고, 아버님도 그 건물 소유자로 등록된 것을 모르고 있었습니다.

이후, 2012년부터 일부 세금이 고지가 되어 2020년까지 2천몇 백원 내고 있었습니다.

그러나, 그 집은 40년 전부터 할머니께서 혼자 거주하며 살고 계신 집이고, 아버님은 서울에 거주하고 살고 있었습니다.

이에, 2020년 10월 28일 경기도 시청에 무허가 건물 소유자 정정신고 요청을 하였고, 현재 거주자인 할머니로 소유자 변경을 하였습니다.

변동 사유 - " 무허가주택의 소유권 불분명, 사용자(할머니) 지정 (지방세법107조3)"

제출 서류 - 소유자 변경된 5년치 과세대장과 과세내역, 소유자 변경 통지문, 아버지께서 내신 5년치 과세를 돌려받았다는 내역(통장사본)등을 제출 하였습니다.

세무소에서는 무허가 건물에 대한 소유자 변경 시점이 주택 매매 시점 뒤에 변경되어 해당 내용들이 인정이 안될 수 있다고 합니다. 아직 세무소 결과가 나오지 않은 상태이지만, 세무소에 해당 서류 및 내용을 인정 안 해 줄 경우 법률적으로 행정 소송 하면 이길 가능성이 있을까요?

감사합니다.