국책과제연구개발비의 정부지원금과 기업부담금의 구분 및 세액공제 신청대상?

국가연구개발사업의 연구비 관련 질의

정부연구과제의 재원(정부출연금과 민간부담금)에 대해 회계처리 및 연구개발비 세액공제와 관련하여 문의드립니다.

관련하여 연구과제 시스템 및 내부 회계처리와 관련하여 설명드립니다.

1. 정부연구과제 시스템

통합시스템에서(이지바로 등) 연구비 집행 시, 정부출연금과 민간부담금의 비율에 따라 각 가상계좌에서 연구비 구성 비율에 따라 출금 됨.

(시스템상에서는 정부출연금, 민간부담금의 표기는 되지 않고 합산된 총괄 연구비로 관리됨)

예시) 연구비 1,000만원 집행시,

- 정부출연금 가상계좌와 민간부담금 가상계좌에서 각 500만원씩 출금됨

- 통합시스템에서는 정부출연금, 민간부담금 따로 구분없이 1,000만원 지급으로 관리됨

2. 내부 회계 관리 시스템

정부연구과제 전문기관에서는 정부출연금과 민간부담금의 사용 소진 등의 기준을 두고 있지 않아서,

정부출연금과 민간부담금 비율에 따라 안분하지 않고 집행건수가 많기 때문에 편의상 정부출연금 먼저 모두 집행 후 민간부담금 소진 처리를 하고 있음.

** 정부출연금과 민간부담금 재원에 따라 회계처리 방식이 다르기 때문에, 내부 관리시 재원 구분이 필요함

예시) 연구비 예산이 1억이고 정부출연금과 민간부담금이 50:50인경우,

- 업체 1: 연구재료비 1,000만원 --> 정부출연금으로 집행

- 업체 2: 연구활동비 2,000만원 --> 정부출연금으로 집행

- 업체 3: 인 건 비 2,000만원 --> 정부출연금으로 집행

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- 업체 4: 연구재료비 2,000만원 --> 민간부담금으로 집행

- 업체 5: 연구활동비 1,000만원 --> 민간부담금으로 집행...

Q1. 내부 회계관리 시 각각의 지급건에 대해 정부출연금과 민간부담금을 안분하여 관리해야 하는지?

현행대로 정부출연금 모두 소진 후, 민간부담금을 사용해도 되는지?

(두가지 방법 모두 연구 과제에서 사용한 정부출연금과 민간부담금 총액은 동일하지만, 연구개발비 세액 공제 신고 금액의 차이가 발생함)

Q2. 연구개발비 세액공제 신청 시, 정부연구과제 집행액의 민간부담금 사용금액 중 세액공제 대상에 해당하는 내역에 대해 신청을 하고 있음

세액공제 신청 시, 연구개발 사용내역에 중 자체적으로 민간부담금의 지급대상을 선택하여 세액공제 대상으로 처리 할 수 있는지? (위 2번 설명처럼)

- 위 2번의 예시에서, 업체 4의 연구재료비 2,000만원에 대하여 내부적으로 민간부담금으로 처리한 2,000만원을 모두 세액공제 대상으로 신청 가능한지?

- 아니면 모든 집행건마다 정부출연금/민간부담금을 안분하여 사용한 것으로 처리하여 업체 4의 연구재료비의 50%만 세액공제 대상으로 인정할 수 있는지?

답변 부탁드립니다.

감사합니다.