원균의 성품에 대해서는 용맹하지만 과격했다고 합니다. 과격한 성품 탓에 지휘관으로 부적합하다는 평가를 받기도 했다고 하네요. 이러한 성격 때문에 장병들을 장악하는 데 어려움을 겪었다고 합니다.
다만 이순신 장군과의 관계는 좋지 않은 듯합니다. <난중일기>에 따르면 30여차례 불편한 관계를 기록하고 있습니다. 그 중에서도 흉악하고 음험하다는 등 개인적인 내용도 있으나 고립된 고립된 아군을 내버려두고 구하지 않는다든지, 잘못된 공문을 보내어 군대를 동요하게 했다든지, 적을 치러 가자는 공문을 보내 놓고 답장을 보내자 취했다는 이유로 살펴보지 않는다든지, 자신의 전력은 따로 빼놓고 적을 치러 출동하자고 독촉하는 등 장수로서 결격사유를 보이는 경우도 적지 않습니다. 이로 인해 이영남, 이여념 등 원균의 부하 장수들이 이순신에게 와서 원균의 비리를 고하는 상황까지 빚어졌습니다. 이렇듯 이순신과 원균 사이에는 불신이 쌓여, 이순신은 원균의 보고를 불신하는 지경에까지 이르게 되었었다고 합니다.