미등기 농가 주택(소형) 다주택 문제는 어떻게 되나요?

부모님께서 사망하시고, 군청에서 직권 이전으로 미등기 농가주택(매우 소형)이 넘어왔습니다. 등기부에 없어 몰랐는데, 미등기 농가주택이라네요.(가격은 거의 없을 것 같아요)

현재 도시에 아파트 소유한지 10년된 것이 있는데, 이럴 때 2주택이 된다고 합니다. 어떤 불이익이 예상되나요?