보통 수학여행에 참여하지 않는 학생들은 학교에 남아 자율학습을 하거나, 담당 선생님 지도 아래 비교적 자유로운 분위기에서 과제나 독서 등을 하며 시간을 보내는 경우가 많아요. 인원이 적어서 조용하고, 정규수업처럼 빡빡하게 진행되기보다는 스스로 공부하거나 개인 학습을 정리하는 식으로 운영되곤 합니다. 상황에 따라 영화 감상이나 독서 프로그램, 소규모 활동을 하기도 하고요. 또 학교마다 다르지만 외부 체험학습으로 대체 프로그램을 제공하는 곳도 있다고 하니, 실제 운영 방식은 학교에 문의해보면 가장 정확할 것 같아요.
대부분 학교에서 수학여행 가지 않고 잔류하는 학생들에게 프로그램 참여로 대체 학습을 진행합니다. 일반적으로 과제나 독서, 보고서 작성 등 개별 학습이나 온란인 학습, 조영한 자습시간 갖기, 프로젝트 활동, 교과 보충 학습이나 시험 대비 학습, 교육 관련 프로그램 청취 등 활동을 합니다. 이는 수학여행 동안 학교에 남아 대체 학습을 하며 무단결석 처리하지 않기 위한 교육 차원에서 실행합니다. 남은 학생 수가 적은 경우 여러 교실 아이들을 한 반에 모아서 프로그램 진행하는 경우도 있습니다.