안녕하세요. 류형식 노무사입니다.주말수당(연장 또는 휴일근로수당)은 통상임금을 기준으로 산정합니다. 따라서, 질문자님의 월 임금이 총액은 동일하나 연차수당이 산입되어있다면 해당 수당을 제외하고 통상임금을 산정하므로 불이익이 발생할 수 있습니다. 퇴직금의 경우에도 평균임금을 기준으로 산정하며 연차수당으로 인하여 평균임금이 저하될 수 있습니다.연차수당의 경우 연·월차유급휴가에 대해 미사용 연·월차유급휴가보상금을 월급여액 속에 포함하여 미리 지급하는 근로계약을 체결하는 것은, 그 수당을 지급한 이후에도 해당 근로자가 연·월차휴가를 사용할 수 있도록 허용하는 경우에만 인정될 수 있을 것(근로기준과-7485, 2004. 10. 19.)(근로개선정책과-2022, 2011. 07. 04).으로 보고 있습니다.아울러, 고정적으로 연장근로가 발생하는 경우라면 월 급여에 미리 연장근로수당 등을 산정하여 지급할 수 있으나 근로기준법에 따른 가산수당이 제대로 반영되었는지 살펴보시기 바랍니다.다만, 질문자님의 경우 기존의 임금에 비하여 통상임금 등이 저하될 수 있으므로 질문자님의 명시적인 동의 (변경된 임금내역, 근로계약서에 서명 또는 날인)가 있어야만 임금의 변경이 가능하다고 사료됩니다.질문자님의 동의 없이 사용자가 일방적으로 변경된 임금을 기준으로 적용한다면 이는 무효이며 그 이전의 임금이 적용되어야 합니다.