정상기에 태평양은 무역풍(위도 0도~30도에서 부는 동풍)에 의해 따뜻한 표층 해수가 서태평양에 몰려있어 서태평양이 동태평양보다 표층수온이 높고 해수면 높이도 더 높습니다. 표층 수온이 높은 서태평양에는 저기압이 발달하여 강수량이 많고, 표층수온이 낮은 동태평양에는 고기압이 발달해 강수량이 적고, 낮은 해수면 높이때문에 용승현상이 많이 일어나는데 이 용승에 많은 영양염류와 산소가 포함되어 있어 어장이 발달핮니다.
그런데 엘니뇨 시기에는 무역풍이 약화되어 따뜻한 표층 해수가 서태평양으로 몰리는 양이 적어지기 때문에 서태평양은 정상기보다 표층 수온이 낮아지게 되어 고기압이 발달하게 되고 강수량이 감소하여 가뭄이 발생하게 됩니다. 또한 산불의 피해도 커지게 되겠죠. 실제로 1997년 인도네시아 산불은 엘니뇨로 인해 그 피해가 더욱 커졌다고 합니다.반대로 동태평양에서는 표층 수온이 평상시보다 높아지고 해수면의 높이가 높아짐에 따라 강수량이 증가하고 용승이 약화되어 어장이 파괴됩니다. 세계 5대 어장중 하나인 페루 멸치 어장도 엘니뇨에 의해 파괴되었습니다.
라니냐시기는 반대로 무역풍이 강화되는 시기인데, 정상기에 나타나는 현상이 더 강하게 나타난다고 보시면 되겠습니다. 서태평양에서는 저기압이 더 발달하고, 동서태평양의 해수면 높이 차가 더 커지게 됩니다.
엘니뇨는 2년~7년을 주기로 한 번 발생하면 수 개월동안 지속되는데, 이 주기는 일정하지 않습니다. 자연의 흐름과 대기의 순환 등 다양한 현상이 엉켜있기 때문에 주기를 예측하는 것도, 정확한 원인을 밝혀내는 것도 어렵다고 합니다.
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