지역아동센터는 주로 보건복지부와 지방자치단체의 지원을 받아 운영됩니다. 보건복지부는 아동복지 정책을 수립하고 예산을 배정하며, 지방자치단체는 지역에 맞는 추가적인 지원을 제공합니다. 센터는 아동들에게 학습 지원, 문화 활동, 심리 상담 등 다양한 프로그램을 제공하며, 이를 위한 운영비와 프로그램비가 지원됩니다. 지원 금액은 센터 규모와 지역에 따라 다르며, 후원금이나 기부금을 통해 추가적인 재정적 지원을 받기도 합니다. 또한, 정부는 센터의 운영을 점검하고 평가하여 서비스의 품질을 유지하고 있습니다.