pegRNA의 유도서열길이와 보호서열길이가 무엇인가요?
pegRNA의 유도서열길이와 보호서열길이가 무엇인가요?
chatgpt한테 pegRNA에 관해 물어보다가 이것을 말하길래 무엇인가 궁금해서요
유전자 편집에서 중요한 역할을 하는 RNA 구조물로 Prime Editing 방법에서 주로 사용됩니다.
Guiding Sequence Length - 유도서열길이, 영어로 보시는게 더 이해하는데 도움이 되실 것 같습니다.- pegRNA의 유도서열은 타겟 DNA와 결합하면서 CRISPR 복합체가 DNA를 절단하는 것을 유도합니다.
Protospacer Adjacent Motif - 보호서열길이;PAM- 보호서열길이는 CRISPR시스템이 DNA를 인식하고 절단할 수 있는 특정 염기서열을 칭합니다. 이 두 서열을 통해 CRISPR 복합체가 DNA의 타겟에 정확하게 결합하고 유전적 변형을 유도합니다.
pegRNA는 CRISPR 유전자 가위 시스템에서 사용되는 가이드 RNA의 한 종류입니다.
일반적으로 pegRNA의 유도 서열(protospacer adjacent motif 또는 PAM) 길이는 2-6bp이며, 표적 DNA 서열과 상보적으로 결합하는 가이드 서열 길이는 17-25bp입니다. 그리고 가이드 서열의 3' 말단에 위치한 보호 서열(ProtoCtor sequence)의 길이는 통상 8-10bp입니다. 보호 서열은 pegRNA가 세포 내 RNase에 의해 분해되는 것을 방지하는 역할을 합니다. 따라서 pegRNA의 전체 길이는 유도 서열, 가이드 서열, 보호 서열의 길이를 더한 값이 됩니다.
'pegRNA'란 prime editing guide RNA를 의미하는데요, 이는 4세대 유전자 가위인 'Prime editing'에서 활용이 됩니다. 프라임에디팅은 CRISPER-CAS9에서와 같이 Cas9을 이용하여 특이적인 DNA sequence를 인식하고 한 가닥의 DNA를 절단하는 기술인데요 이때 pegRNA는 크게 절단된 DNA에 결합하는 부분과 원하는 편집 정보가 코딩되어 있는 RNA 부분으로 이루어져 있습니다. 이 pegRNA가 editor를 교정하려는 표적부위로 안내하고 Cas9이 한 가닥의 DNA를 절단하는 것입니다.