하나투어 앱에서 제공하는 마일리지 적립은 통상적으로 하나투어 자체 마일리지 프로그램이나 포인트 적립 시스템이며, 항공사 마일리지와는 별도로 운영됩니다. 스카이스캐너를 통해 제주항공 항공권을 하나투어 경로로 구매한 경우에도, 하나투어 어플에 적립되는 마일리지는 제주항공의 공식 항공사 마일리지로 자동 적립되지 않습니다. 제주항공 마일리지를 적립하려면 제주항공에서 직접 발권하거나, 제주항공 적격 운임으로 예약할 때 해당 항공사의 마일리지 적립 정책에 따라야 합니다.