연산군과 광해군 시기에도 조선의 정치적 변화게 크게 영향을 미쳤습니다. 연산군 시기에는 왕의 독단과 포적으로 신권과 갈등이 극심했으며, 이는 중종반정의 요인이 되었습니다. 광해군 시기는 내정 개혁과 중립 외교 시도로 국가 안정과 외교 균형을 꾀했으나 붕당 정치와 권력 투쟁으로 폐위되었습니다. 이 시기 변화는 이후 탕평책 등 정치 조정과 개혁 시도의 기반이 되었습니다.
하지만 조선 정치사에 가장 큰 변화 시기는 16세기 사림파의 성장과 붕당 정치의 전개라 여깁니다. 기존 훈구파와 사림파의 대립은 사화를 일으켰습니다. 그리고 선조 때 집권한 사림은 붕당 정치를 전개했습니다.