말씀하신 상황으로 식중독 위험이 의미 있게 올라간다고 보기는 어렵습니다.
전자레인지 바닥은 위생 상태가 좋지 않을 수는 있지만, “3초 정도 접촉”만으로 충분한 양의 세균이 음식 내부까지 증식해 식중독을 일으키는 경우는 드뭅니다. 식중독은 보통 오염된 음식이 상온에서 일정 시간 이상 방치되면서 세균이 증식했을 때 발생합니다.
또한 이후 전자레인지로 가열을 하셨다면, 일반적인 세균 상당수는 열에 의해 감소했을 가능성이 높습니다. 물론 모든 균이나 독소가 완전히 제거된다고 보장할 수는 없지만, 일상적인 노출 수준에서는 임상적으로 문제 되는 경우는 흔하지 않습니다.
현재로서는 특별한 조치 없이 경과 관찰하시면 됩니다. 다만 섭취 후 6시간에서 24시간 사이에 복통, 설사, 구토, 발열이 나타난다면 그때는 위장염 가능성을 고려해 수분 섭취 유지하면서 필요 시 진료 보시면 됩니다.
정리하면, 현재 상황만으로 식중독을 걱정할 필요는 거의 없는 수준입니다.