일본에서 쇼군은 막부의 최고 통치자로 실질적인 권력자였습니다. 정식 명칭은 "정이대장군"으로 8~9세기 헤이안 시대 교통 조정으로부터 북동부의 에미시 세력을 정복하기 위해 임명된 장군이며, 군사 및 행정상 권한이 컸습니다. 대표적인 인물로 797년에 임명된 사카노우에노 다무라이가 있습니다.
그런데 12세기 무사 계층이 힘이 커지자 미나모토노 요리토모가 헤이시 세력을 무너뜨리고 1185년 천황에게 정이대장군 직위를 받아 막부를 설치하였습니다. 이후 쇼군은 원정군 지휘관이 아니라 전국의 무사들을 관리하는 권력을 발전한 것입니다. 즉, 이후 천황과 귀족은 교통에서 여전히 공식적인 권위를 가지고 있었지만 쇼군이 무사를 장악하면서 실제 권력을 가진 구조가 된 것입니다.