붕당은 정파적 차이 외에도 성리학의 학문적 성향의 차이로 분당의 요인이 되었습니다. 예를 들어 동인은 이황의 주리론에 따라 '리'를 근본으로 여겼지만 서인은 이이의 주기론에 따라 '기'와 현실을 중시했습니다. 따라서 동인은 치자의 도덕적 자기 절제로 부패를 막야야 하는 수기 이론, 서인은 제도 개혁을 통한 부국 안민의 치인 이론에 집중했습니다.
그리고 현종 때 두차례 예송 논쟁으로 남인은 주리론에 따라 군주권을 중심 통치, 서인은 주기론에 따라 신권을 중시하는 입장으로 대립했습니다. 이 외에도 북벌론과 실학과 개혁 성향도 차이가 있었습니다.