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냉동치료는 액화질소로 사마귀 조직을 얼려 파괴하는 방법입니다. 간단하고 비용이 레이저보다 저렴한 편이며 치료 후 물집이 생기거나 여러 차례 반복 치료가 필요할 수 있습니다. 뿌리까지 어너 정도 제거 가능하지만, 깊거나 큰 사마귀는 완전 제거가 어려울 수도 있습니다. 해당 치료는 출혈 위험이 상대적으로 적고 혈관이 많은 부위에 우선적으로 사용됩니다.
레이져 치료는 고출력 레이저로 사마귀를 태워 제거하는 방법으로 깊은 사마귀에 효과적이고 비교적 정밀한 치료가 가능합니다. 그러나 치료 후 출혈과 통증이 발생할 수 있고 비용이 더 높으며 흉터가 남을 수 있습니다. 혈관이 많은 부위에서는 출혈 위험이 있어 주의가 필요합니다.