채팅에서는 메시지가 텔레그램의 클라우드 서버를 거쳐 저장됩니다. 하지만 비밀 채팅은 종단간 암호화가 적용되어 있어, 메시지가 보내는 사람과 받는 사람의 기기에서만 암호화 및 복호화됩니다. 중간에 가로채거나 복사할 수도 없습니다. 즉, 해커나 정부 기관이 서버를 해킹하더라도 대화 내용을 확인할 수 없다고 합니다.메시지가 클라우드에 저장되지 않고, 비밀채팅에서는 자폭 타이머 기능을 사용할수 있다고 합니다.그 대신에 비밀채팅은 오직 한 대의 기기에서만 가능합니다.