관계대명사 which는 앞의 명사인 'the file'을 대신하면서 동시에 두 문장을 연결하는 역할을 하므로, 뒤 문장에서 'the file'이 들어갈 자리가 비어 있어야 합니다. 질문하신 문장에서 it은 바로 그 'the file'을 의미하는데, 관계대명사가 이미 그 역할을 하고 있기 때문에 it을 또 쓰면 목적어가 중복되어 틀린 문장이 됩니다. it이 있으면 문장 자체는 "그가 그것을 나에게 주었다"라는 완벽한 구조를 갖추지만, 관계대명사 절은 반드시 대명사 하나가 빠진 '불완전한 구조'여야만 성립할 수 있습니다. 따라서 it을 빼야만 비로소 which가 그 빈자리를 채우며 '그가 나에게 주었던 파일'이라는 올바른 수식 구조가 완성되는 것입니다. 요약하자면 관계대명사 문장에서 대명사를 중복해 쓰는 것은 '나의 이름은 제임스 내 이름이야'라고 말하는 것과 같은 불필요한 반복이라 보시면 됩니다.