수고하세요 - 라는 말이 윗 사람이 아랫 사람에게 하는 말이기에 이 점을 꼽주는 사람이 가끔 있습니다.
문제는 아랫 사람이 윗 사람에게 마땅히 [수고하세요]를 대체할 말이 없다는 점이죠.
그나마 [고생하세요] 가 대체어로 안내되고 있으나, 그 말의 뉘앙스가 질문자분 처럼 받아들여지기도 해서 적절한 대체어는 아니라고 개인적으로 생각합니다.
허나 앞서 말씀드린 바와 같이, 통상적으로 [수고하세요]의 대체어로써 알려져있고, 본문의 [고생하세요] 역시 이와같은 맥락에서 쓰여진 것으로 보입니다.
그러니 수고하세요, 로 받아들여주시면 좋을 것 같습니다 :)