산호초는 산호충과 내부 공생 조류의 광합성에 의존하기 때문에 상당히 까다로운 해양 환경에서만 형성됩니다.
먼저 수온이 중요한데, 23~29도의 따뜻한 수온이 필수적이며, 수온이 너므 오르면 공생 조류가 사라지며 백화현상이 발생합니다.
여기에 조류의 광합성을 위해 수심 20~30m 이내의 얕고 밝은 환경이 필요합니다. 물론 광합성에 중요한 빛 투과를 방해하는 부유물이 없는 맑고 깨끗한 수질이어야 합니다.
그리고 영양분이 적은 빈영양 상태가 유리하며, 영양염류가 너무 많으면 해조류가 무성해져 산호가 자랄 수 없습니다.
또한 염분은 약 32~35 PSU 정도의 해수 염도가 유지되어야 하기 때문에 강 입구처럼 담수가 유입되는 곳에서는 살지 못합니다.
게다가 파도와 수류가 적당해야 산소와 영양분이 공급되고 침전물이 쌓이지 않고, 바닥은 골격을 고정할 수 있는 단단한 암반 지형이어야 합니다.
이 외에도 자잘한 조건들이 더 있긴 하지만, 이것만으로도 상당히 까다로운 조건을 동시에 충족되는 열대 및 아열대 해역에서만 산호초가 형성될 수 있는 것이죠.